Ich sehe das so:
An dem Tag, an dem der Einspruch bzw. die Beschwerde eingereicht wird, wird die zugehörige Gebühr fällig. Geht eine Zahlung ein, zu der es keine fällig gewordene Gebühr gibt, dann wird sie zurückerstattet, denn sie erfolgte ohne Rechtsgrund.
Das EPA überwacht nicht, ob zu einer eingegangenen "vorsorglichen" Zahlung irgendwann mal eine Fälligkeit eintritt. Sonst müsste es detaillierte Vorschriften geben, wann lange genug gewartet wurde und die Rückerstattung eingeleitet werden kann. Nein, vielmehr wird so eine Zahlung unverzüglich zurückerstattet.
Die Einspruchs- bzw. Beschwerdegebühr muss dann also frühestens am Tag der Einreichung des Einspruchs bzw. der Beschwerde noch einmal entrichtet werden.
Es funktioniert ganz gewiss nicht, vorsorglich schon mal ein paar Weiterbehandlungsgebühren deponieren, damit man sie später nicht vergisst.
Automatische Abbuchungen setzen in jedem Fall die Fälligkeit der Gebühr voraus.