Aminosre - DNA: addition, insertion, deletion and substitution

[PAmuckl]

Hallo zusammen,

habe hier ein kleines (?) Problem mit der Verwendung:

... including one or more of an addition, insertion, deletion and substitution of an amino acid ....

Prüfer sagt (m.E. zu recht): unklar, da nicht begrenzt und somit jede AS möglich ist.

Jetzt habe ich in einer Studie (Trilateral Project 24.1) folgendes gefunden:

The EPO and the JPO state that an addition/deletion/substitution type claim can be defined with elements 1) - 3);
1) one or more nucleotide sequences or amino acid sequences defined in, for example, working example
2) a clear definition of the term "addition, deletion, substitution," provided that "the sequences added, deleted or substituted" have a high degree of identity (homology) with the sequences of 1)
3) property or function of encoded protein.

Die "function" habe ich im Anspruch dahinter stehen, gehe ich recht in der Annahme, dass alle drei Elemente vorhanden sein müssen, um einen solchen Anspruchsteil nicht als unklar anzusehen ???

Vielen Dank für die Mühe.

 

[union]

AW: Aminosäure - DNA: addition, insertion, deletion and substitution

habe hier ein kleines (?) Problem mit der Verwendung:

... including one or more of an addition, insertion, deletion and substitution of an amino acid ....

Prüfer sagt (m.E. zu recht): unklar, da nicht begrenzt und somit jede AS möglich ist.

Ob diese Formulierung zu einem Problem führt oder nicht hängt meinem Verständnis nach ziemlich vom Rest des Wortlauts des Anspruchs ab. So allgemein gefasst verstehe ich die Frage jedenfalls nicht...

Vielleicht hilft ein Blick auf den erteilten Anspruch 6 der EP 0 955 358 B1 weiter?

union

 

[PAmuckl]

Moin,

zum besseren Verständnis hier der Wortlaut des Anspruchsteils um den es geht:

X. ... a protein consisting of an amino acid sequence including one or more of a deletion, addition and /or substitution of an amino acid in the amino acid sequence shown in sequence No 5 , in which the protein exibits activity of a XXX biosynthetic enzyme.

Die Funktion (exibits activity) ist wie in Anspruch 8 der oben zitierten EP (functional equivalent) Bedingung für eine deletion, addition,...

Etwas klarer geworden?

 

[union]

AW: Aminosäure - DNA: addition, insertion, deletion and substitution

Ja, jetzt ist's klar. Problem sehe ich hingegen keines, insofern die Beschreibung entsprechende Stützen bietet.

 

[PAmuckl]

Beschreibung stützt diese Aussage.

Im erweiterten Europäischen Recherchenbericht jedoch wird argumentiert:

Claim X is unduly broad since it amounts to claiming essentially any enzyme involved in XXX biosythesis as any DNA or amino acid sequence can be considered a derivative of any sequence given enough substitutions, deletions, insertions.

Ich werde argumentieren, dass Funktion des Enzyms trotz deletion, .... weiter gegeben sein muss, deshalb deletion, .... nur begrenzt möglich, deshalb der Anspruch nicht unduly broad.

Danke für Hinweis auf EP...!

Gruß

 

[candidate]

Also ich muss dem Recherchenbericht aber recht geben. Mit so einem claim beanspruchst Du im Prinzip auch Enzyme mit derselben Funktion, die eine völlig andere Aminosäuresequenz haben (also alle Aminosäuren ausgetauscht, ein paar dazugefügt und ein paar weggelassen). Die Angabe der SEQ ID wird doch völlig aufgeweicht, indem Aminosäuren zugefügt, entfernt und ausgetauscht werden können. Einzig beschränkendes Merkmal in diesem claim ist doch die Funktion. Und das ist schon ziemlich "broad". ;-) M.E. ist das ein reach through claim, der auch zukünftige, jetzt noch unbekannte Enzyme derselben Funktion umfasst und damit wird deine Argumentation beim EPA mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit nicht fruchten.

Wie wäre es mit der gleichzeitigen Angabe von (z.B. 80%) Sequenzidentität, hast Du dafür eine Basis?

 

[PAmuckl]

Richtig, ich beanspruche Enzyme mit einer anderen AS-Sequenz ABER mit derselben Funktion ("in which the protein exibits activity of a XXX biosynthetic enzyme"). D.h. aber im Endeffekt, dass sicher nicht alle - im Gegenteil, nur sehr wenige AS ausgetauscht werden können, da sonst die Funktion nicht mehr gegeben wäre (was ja schon beim Austausch einer Base passieren könnte, z.B. tgt (=Cys) zu tga (=Stop)).

Ich zitiere hier nochmal den Anspruch 8 der von union zitierten EP :
[FONT=&quot]
8. Use of an L-sorbose reductase gene of a microorganism belonging to the genus Gluconobacter or Acetobacter in producing the genetically engineered microorganism defined in any one claims 1 - 7 , in which the said gene is characterized in that it encodes the amino acid sequence of L-sorbose reductase described in SEQ ID NO: 2 or its functional equivalent containing insertion, deletion, addition and/or substitution of one or more amino acid(s) in said SEQ ID NO: 2.[/FONT]

Ich verstehe aber nicht, wieso du meinst, dies wäre ein reach-through claim? Richtig, ich weiß nicht 100% wie die AS-Sequenz nach einer addition, deletion,... aussieht, aber ich weiß, dass das Enzym weiter seine Aktivität aufweist. Ich beanspruche doch nicht "alle" Enzyme.
Oder verstehe ich den reach-through claim falsch???
Puuuuhhhh!!!!!
Danke jedoch schonmal für die Diskussion - bin zwar noch nicht am Ende aber schon ein gutes Stück weiter!!!!

 

[candidate]

Hallo PAmuckl,
ich versuche nochmal deutlich zu machen, worin ich (und vermutlich auch das EPA) das Problem sehe.

Also - Du hast ein Enzym mit einer bestimmten Funktion (was weiß ich, nennen wir es mal "XY-Reduktase") und einer bestimmten AS-Sequenz (SEQ ID 5). Was Du beanspruchen willst, ist eigentlich: ein Enzym mit der SEQ ID 5, wobei eine oder ein paar AS so ausgetauscht sind, dass die XY-Reduktase-Funktionalität erhalten bleibt.

Nehmen wir mal an, dass die "XY-Reduktase"-Funktionalität auch von einem anderen Enzym mit völlig anderer Aminosäuresequenz erfüllt ist. Dieses Enzym fällt auch unter Deinen Claim, da man von der SEQ ID 5 ja Aminosäuren beliebig austauschen, entfernen oder hinzufügen kann. (Das selbe Problem sehe ich übrigens auch bei dem erteilten claim von der EP - manchmal werden ja auch beim EPA komische Sachen erteilt. )


Nehmen wir weiter mal an, in 5 Jahren designt/entdeckt jemand ein supercooles Enzym mit XY-Reduktase-Aktivität. Das fällt dann auch unter Deinen claim (gleiche Begründung: Austausch, deletion, insertion ohne dass da eine Limitation angegeben ist, lässt aus Deiner SEQ ID 5 ja jede x-beliebige AS-Sequenz machen). Das supercoole Enzym war ja aber zum Zeitpunkt der Anmeldung noch gar nicht bekannt und ist nun trotzdem geschützt. M.E. ein reach through claim.

Also:

Richtig, ich beanspruche Enzyme mit einer anderen AS-Sequenz ABER mit derselben Funktion ("in which the protein exibits activity of a XXX biosynthetic enzyme"). ... Ich beanspruche doch nicht "alle" Enzyme.

Du beanspruchst "alle" Enzyme mit der bestimmten Funktion. Und das will das EPA nicht.

Du musst also m.E. in Deinen claim irgendwas einbauen (Homologien ist das einzige, was mir einfällt), was klar macht, dass Du nur Enzyme mit SEQ ID 5 und in gewissen Grenzen ähnlich beanspruchst und nicht "irgendwelche" Enzyme mit dieser Funktion.

Viele Grüße!

 

[PAmuckl]

Ich glaube jetzt habe ich kapiert um was es geht!
Vielen Dank für Deine nachvollziehbare Erklärung.

Leider habe ich nichts in der Beschreibung was ich heranziehen könnte, z.B. Homologien. Der Mandant (aus Übersee hat eh schon verlauten lassen, er würde auf die addition, deletion,... verzichten.

Aber für die Zukunft noch eine letzte Frage dazu: Welcher Prozentsatz an Homologien würde dem EPA reichen? 80%, 95%, 99% ? Hast Du da Erfahrungen gemacht?

Gruß und noch mal ein großes DANKE!

 

[candidate]

So pauschal kann man das ja nicht sagen, es kommt ja immer darauf an, was sinnvoll ist.

Wenn Du ein Peptid mit 10 oder 20 Aminosäuren hast, sind 99 % Sequenzidentität ziemlicher Quatsch und wenn Du ein Protein mit weiß Gott wievielen Aminosäuren hast, kann man bei 80 % Sequenzidentität schon ein total neues Protein draus machen.

Ich schaue immer ein bisschen danach, was für die jeweilige Anwendung einen Sinn ergeben würde und mache immer so drei oder vier Angaben in die Beschreibung (in der Art: mindestens 80%, bevorzugt mindestens 90%, besonders bevorzugt mindestens 95%). Dann passt das schon.